El Departamento de Aplicación Docente, fue creado en diciembre de 1998 en el marco de un convenio de cooperación mutua entre el gobierno de la provincia de Mendoza y la Universidad Nacional de Cuyo (Ord.60/98 del C.S, Decreto provincial N° 1720/98 y ley 6635/98) a partir de la implementación de la Ley Federal de Educación (Ley 24195) y la restructuración del sistema educativo argentino.
Fue creada como una oferta exclusiva del tercer tramo de la Enseñanza General Básica (E.G.B.3) bajo la dependencia académica de la Facultad de Filosofía y Letras y el financiamiento de la provincia de Mendoza.
Las actividades escolares comenzaron el día 27 de marzo del año 2000.
En el año 2010, la universidad asume una nueva restructuración de los colegios bajo su dependencia a partir de la aplicación de la Ley de Educación Nacional (LEN 26206). Así, el Departamento de Aplicación Docente comienza a ofrecer el nivel secundario pero continúa siendo una escuela dependiente académicamente de la Facultad de Filosofía y Letras, hasta el año 2012 en que es transferido a la Dirección General de Educación Secundaria (DIGES) de la Universidad Nacional de Cuyo.